Kishinami Hakuno tiba-tiba berada di sebuah gedung sekolah dalam dunia virtual yang aneh. Suatu ketika muncul sebuah NPC yang menyatakan bahwa karakter utama dan beberapa orang lain yang berada dalam dunia tersebut harus bertahan hidup dan bertarung satu sama lain dalam sebuah upacara bernama Holy Grail War/Perang Cawan Suci untuk mengabulkan satu permintaan. Dalam perang tersebut masing-masing peserta memiliki Servant yang membantunya bertarung melawan peserta lain.